Çocuklar erişkinlerden çok daha farklı bir yapıya sahiplerdir. Devamlı gelişmekte oldukları ve metabolizmaları farklı olduğu için dâhili ve cerrahi hastalıkları da yetişkinlerden farklıdır. Bu nedenle Çocuk Cerrahisi Uzmanları yanlızca bebek ve çocukların cerrahi sorunları ile ilgilenmektedir.
Çocuk cerrahisi yenidoğan ve çocuk sünnetleri, kasık fıtığı, hidrosel, kordon kisti, inmemiş testis ve hipospadias onarımları gibi ürolojik operasyonları gerçekleştirmektedir. Ayrıca doğumsal böbrek, idrar yolu ve mesane bozuklukları, idrar yolu taşları olan, vezikoüreteral reflüsü (VUR) olan, altını ıslatan veya sık idrar yolu infeksiyonu geçiren çocukların da inceleme, takip, tedavi ve ameliyatları yapılmaktadır.
Günübirlik cerrahilerde (sünnet, fıtık gibi) iyileşme süreci çok kısadır, çocuk genellikle aynı gün veya takip eden gün içinde ayaklanır. Kullanılan dikiş materyalleri emilebilir özellikte olduğundan dikişlerin alınması gerekli değildir. Daha büyük cerrahi uygulamalar sonrası bakım genellikle hastanede çocuk cerrahisi personelinin gözetiminde sürer.
Sünnet için en uygun yaş konusunda ayrı görüşler bulunmaktadır. Yenidoğan döneminde yapılacak sünnet, olayın psikolojik stresini tamamen ortadan kaldırmaktadır. Ancak tuvalet eğitiminin olmaması ve bebek bezi kullanımı yara iyileşme sürecini uzatabilir veya enfeksiyona meyil yaratabilir. Yenidoğan döneminde yapılmayacaksa, en uygun yaş 7 yaşından sonra olmalıdır. 3-6 yaş arası, erkek çocuklarında “fallik dönem” olarak bilinir ki bu dönemde çocuk erkek olduğunu ve bunun penisi ile ispatlandığını fark eder. Bu dönemde penise yönelik herhangi bir müdahale psikolojik açıdan kalıcı hasarlara neden olabilir.
Sünnet, özellikle okul çocuğu dönemlerinde, lokal anestezi ile de uygulanabilir. Ancak olayın psikolojik baskısını ortadan kaldırdığı için genel anestezi altında yapılması daha uygundur. Ayrıca uyum sağlayamayan, korku dolu bir çocukta, işlem esnasında karşı koyma söz konusu olabilir, bu durumda da genel anestezi şarttır. İşlem oldukça kısa sürdüğü için verilen anestezinin dozu ve süresi de çok kısadır, yan etkileri veya komplikasyonu yoktur.